Zwijssen werkte jarenlang in de zielzorg en was o.a. tien jaar pastoor în 't Heike te Tilburg. In 1842 werd hij benoemd tot coadjutor van de apostolische vicaris van Den Bosch, mgr. Den Dubbelden. Sindsdien steeg zijn invloed geregeld, waartoe zijn vriendschap met koning Willem II, die reeds dateerde van 1832, veel bijdroeg. Hij nam hij de dood van mgr. Den Dubbelden op 13 oktober 1851 diens functie van apostolisch vicaris van Den Bosch over.

Twee jaar later, bij het herstel der hiërarchie, was mgr. Zwijsen de aangewezen man voor de aartsbis schoppelijke zetel van Utrecht. Hij bleef echter in Den Bosch wonen en bestuurde van daaruit het aartsbisdom. Hij was dus aartsbisschop-bisschop. Aan deze ongewenste toestand kwam een einde, toen mgr. Andreas Schaepman, sinds 1860 optredend als Zwijsen's coadjutor, hem op zijn eigen verzoek in 1868 als aartsbisschop van Utrecht opvolgde van dat ogenblik af bestuurde hij alleen het bisdom Den Bosch.

Zwijssen is de oprichter van twee religieuze congregaties, een vrouwelijke de Congregatie van O.L.V. Moeder van Barmhartigheid, meer bekend als Zusters van Liefde te Tilburg, en een mannelijke de Congregatie van O.L.V. Moeder van Barmhartigheid of Fraters van Tilburg. Zijn vriendschap met Willem II heeft veel bijgedragen tot de gunstige gezindheid en de welwillende beschikkingen van deze vorst ten bate der Katholieken.

LITT.: J H Witlox, Mgr. J.Z.(DenHaag 2 (1941); L.J. Rogier - N. de Rooy, In Vrijheid Herboren, passim, vooral blz. 219-223 (Den Haag 1953).