Hij was de zoon van de componist Johann Paul Zilcher. Hij studeerde bij zijn vader en aan het conservatorium in zijn geboortestad, waar hij later zelf leraar piano werd. Van 1922 tot 1944 was hij directeur van het staatsconservatorium in Würzburg ; in de stad leidde hij tevens de symfonieconcerten en de Mozart feesten . Zilcher componeerde o.m. de opera Doktor Eisenbart (1922), het oratorium Liebesmesse en andere koorwerken, orkest-, kamer- en toneelmuziek en liederen.