Hij was eigenlijk de derde opvolgor van Paulus I; na diens dood (767) werd eerst Constantinus II door buiten-Romeinse adel tot paus uitgeroepen (767), daarna Philippus door een Romeins-Longobardische partij (768) en tenslotte Stefanus door een pro-Frankische partij. De diverse keuzen gingen gepaard met bloedige vervolgingen van de verliezende partij. Op een synode, in 769, meende Stefanus orde op zaken te kunnen stellen door zijn voorganger Constantinus nogmaals te Iaten veroordelen diens wijdingen ongeldig te vorklaren en door de pauskeuze zodanig te regelen dat alleen kandidaten uit de Romeinse clerus (met uitsluiting van de adel) voor verkiezing in aanmerking kwamen. Dit laatste heeft evenwel geen effect gehad. De huwelijkspolitiek van Karel de Grote, die met een Longobardische koningsdochter trouwde en deze in 771 weer verstiet, bezorgde Stefanus en diens anti-Longobardische achterban grote moeilijkheden.