In 1923 werd Kondylis minister van Oorlog,  in 1924 van Binnenlandse Zaken.

Kondolys moest in  1926 aftreden als gevolg van de  staatsgreep van Pangalos, maar bracht deze nog in hetzelfde jaar ten val en was toen korte tijd premier.

Van 1923/33 was hij opnieuw minister van Oorlog. Kondylis sloeg in 1935 een opstand van  E. Venizelos en de zijnen neer en effende de weg voor de restauratie van koning George II.