Na de MULO heeft hij bij V&D (Vroom & Dreesmann) gewerkt. Van 1970 tot 1975 was hij beroepsmilitair voor de Koninklijke Landmacht. Daarna werkte hij bij de douane. In 1978 trad hij in dienst bij het CNV, eerst als lid van het bestuur van het district Zuid-Holland, vervolgens in 1987 als lid van het hoofdbestuur van de vervoersbond van het CNV. In 1992 werd hij lid van het hoofdbestuur van het CNV als coördinator arbeidsvoorwaardenbeleid en later algemeen secretaris.

In 1998 werd de heer Van der Knaap voor het CDA lid van de Tweede Kamer der Staten-Generaal.

Hij was oa. lid van de Raad van Toezicht van het psychiatrisch ziekenhuis Bavo te Rotterdam, van het bestuur van de Vereniging voor Christelijk Voortgezet Onderwijs te Rotterdam, van de Raad van Commissarissen van de Arbo Unie Rijnmond en van de Raad van Commissarissen van Uitzendbureau Start.

De heer C. van der Knaap was vanaf 22 juli 2002 staatssecretaris van Defensie in het Eerste Kabinet-Balkenende, welke functie hij vanaf 27 mei 2003 in het Tweede Kabinet-Balkenende opnieuw bekleedt.