Hij werd paus op 14-7-560. Hij was gemengd in de strijd, ontstaan rond paus Pelagius en de zgn. Drie Kapittels. Hij verbeterde de verhouding van de Rom. Kerk met Milaan en Ravenna en bracht Afr. Terug onder de obediëntie van Rome. Toen Narses na zijn ontslag als veldheer door Justinianus naar Rome trok, wist Johannes hem van een plundering van de stad te doen afzien.