Hij was reeds als kardinaal (sedert 1196) de grote beschermer en promotor van kloosterorden( nieuwe kloosterstichtingen en van lekenbewegingen; het meest bekend is zijn interventie in de Regel der minderbroeders (1221; z Franciscus van Assisi, die hij in 1228 heilig verklaarde). Op 19 maart 1227 werd hij tot paus gekozen. Hij ageerde voortdurend tegen keizer Frederik ii. Grote betekenis heeft Gregorius voor de codificering van het canoniek recht: de Quinque libri decretalium Gregorij IX, op zijn verzoek verzameld door Raymond de Penafort, maken deel uit van het Corpus juris canonici. Van Frederik II nam Gregorius het systeem van een onderzoekproces voor ketters over (1231), waarmee hij de grondslag legde voor de Romeinse Inquisitie.