Hij was sinds 865 kardinaal-bisschop van Porto. Na de dood van Stephanus V werd hij tot opvolger gekozen (6 okt. 891). Tegen Guido van Spoleto riep hij de Duitse koning Arnulf te hulp, die in 896 Rome veroverde en door Formosus tot keizer gekroond werd, Formosus' opvolger, Stephanus VI, liet diens lijk opgraven en in een plechtige zitting veroordelen (de zgn. Kadaversynode, jan. 897). Kort daarna liet paus Theodorus II het verminkte lijk uit de Tiber halen en in de St. Pieter begraven.