Begin 1985 distantieerde Numeiry zich van het fundamentalistische Nationaal Islamitisch Front (NIF) van Turabi, tot dan zijn laatste bondgenoot.

Op 6 april 1985 pleegde het leger onder generaal Abdulrachman Suwar al-Dahab een staatsgreep.

Numeiry werd afgezet en ontkwam naar Egypte. In het kader van de door Dahab aangekondigde democratisering werden in april 1986 vrije verkiezingen gehouden, die door de Umma-partij van Sadiq al-Mahdi werden gewonnen. Al Mahdi vormde met de rivaliserende Democratische Unionistische

Partij (DUP) een wankel coalitiekabinet, waarvan hijzelf premier werd. DUP-leider Ahmed Ali al-Mirghani werd als chef van de Opperste Raad staatshoofd. Maar voor de grote problemen van het land (de oorlog in het zuiden, de hongersnood, de schuldenlast en het vraagstuk van de islamitische wetgeving) kon de intern verdeelde regering-Al Mahdi geen bevredigende oplossing vinden. Met de (intern verdeelde) zuidelijke opstandelingen werd beurtelings onderhandeld en slag geleverd. Conflicten tussen

de grote politieke partijen en veelvuldige kabinetscrises droegen bij tot een instabiel politiek klimaat.